Brana i strojarnica HE Peruća okupirane su 17. rujna 1991., nakon čega je neprijatelj zatvorio zatvarač na temeljnom ispustu, a podignuo preljevni zatvarač. Time je spriječeno ispuštanje vode iz akumulacije, koju koriste nizvodne hidroelektrane, tako da je krajem prosinca razina vode u njoj dosegla kritičnu razinu, te ugrozila branu. Prijetilo je prelijevanje glinene jezgre i krune brane. Na pregovorima s neprijateljem, 1. siječnja 1992., spušten je preljevni zatvarač za 90 cm čime je taj rizik donekle smanjen. Međutim, u injekcijskoj galeriji i preljevnoj građevini ostalo je 20 do 30 tona eksploziva.
U srpnju 1992. UNPROFOR preuzima potpunu kontrolu i odgovornost za
objekt. Međutim, usprkos obećanjima međunarodnih promatrača, 27. siječnja 1993.
okupatori su zauzeli objekt. Sljedećeg dana, 28. siječnja, snage UNPROFOR-a
napuštaju elektranu, a postrojbe Hrvatske vojske uspjele su potisnuti
neprijatelja koji je prigodom povlačenja, aktivirao eksploziv u kontrolnoj
galeriji brane Peruća. Brana se dijelom ulomila, voda je prodrla u njenu
unutrašnjost, teško je oštetila i prijetila potpunim uništenjem, te poplavom
čitavom nizvodnog toka, sve do Omiša. Srećom, istog dana stručnjaci HEP-a došli
su na Peruću, te djelovali hitno i učinkovito. Otvoren je temeljni ispust i
omogućen protok vode iz jezera. Katastrofa je izbjegnuta.